Kościół katolicki odegrał niepoślednią rolę w kształtowaniu zachodniej cywilizacji. Od chwili powstania jako mało znacząca żydowska sekta, Kościół był zarówno prześladowany, jak i prześladował sam; stał się potężny, a jednocześnie nie zawsze postępował zgodnie z głoszonymi przez siebie zasadami; głosił wartość moralności i duchowej czystości, choć wstrząsały nim liczne skandale.
Od prześladowań pierwszych chrześcijan w starożytnym Rzymie, przez grozę polowań na czarownice, owianego złą sławą Wielkiego Inkwizytora, po papieską współpracę z nazistami w trakcie II wojny światowej, Mroczne karty historii Kościoła katolickiego przybliżają czytelnikom opowieści o heretykach i pogromach, Matce Teresie i umęczonych księżach, papieskich czystkach i nieuczciwych duchownych, fałszywych prorokach i bezbożnych biskupach.
Ozdobione 180 fotografiami, obrazami i ilustracjami Mroczne karty historii Kościoła katolickiego ukazują często skrywaną prawdę o dwóch tysiącach lat chrześcijaństwa.